Le musée est né à la fin du XIXe, dans l'intention d'exposer les découvertes archéologiques, ethnographiques, mais aussi les arts décoratifs et numismatiques disséminés au sein de différentes institutions. L'exposition permanente offre un parcours historique complet à travers l'Espagne, de la préhistoire au XIXe siècle. On peut y contempler d'excellentes collections en tous genres, comme des sarcophages et des momies égyptiennes, des pièces d'arts décoratifs hispano-romaines, d'archéologie arabe ou encore des stalles et céramiques mudéjares. L'un de ses trésors les plus admirés est le buste ibère de la Dama de Elche.